Ditët më të lavdishme të karrierës së Beckenbauer i kaloi në radhët e Bayern Munichut. Për gjigantët gjermanë nga viti 1964 deri në 1977, ai luajti 427 ndeshje.
Përveç bavarezëve, në karrierën e tij Beckenbauer luajti për New York Cosmos dhe Hamburger, dhe ishte gjithashtu një përfaqësues standard i Gjermanisë së atëhershme Perëndimore.
Ai gjithashtu pati një karrierë të suksesshme si trajner, ishte trajner gjerman dhe drejtoi Bayern Munichun për dy sezone. Ai gjithashtu kishte një periudhë të shkurtër si drejtor sportiv i Olympique Marseille.
Ai fitoi Kupën e Botës me Gjermaninë në 1974 si lojtar dhe në 1990 si trajner. Në futbollin gjerman, ai fitoi të gjitha trofetë me Bayern Munich, si dhe tre në Kupën e Evropës, Ligën aktuale të Kampionëve.
Ai është një nga vetëm nëntë personat në historinë njerëzore që ka fituar si Kupën e Botës FIFA, Ligën e Kampionëve UEFA dhe Topin e Artë.
